Um número significativo de alemães tomou parte também nas Bandeiras. Contavam-se entre eles aventureiros clássicos como estão sempre presentes em empreendimentos desta natureza. Há-os também que aliam a procura de aventuras e emoções a objetivos científicos. Entre os alemães que integraram Bandeiras predominaram, como é perfeitamente explicável, peritos em prospecção de minerais, geólogos e até engenheiros de minas. Entre os engenheiros que acompanharam Dom Francisco de Souza, nas suas incursões por São Paulo para mapear jazidas, entre 1591 e 1602, encontrava-se o alemão Jakob Unhalt, que consta nos registros também como "Unhalte" ou "Oalte". Entre 1601 e 1602 Dom Francisco de Souza organizou uma expedição até Minas Gerais e nela fez-se acompanhar por Unhalt e os outros engenheiros. Confiou o comando da expedição a André Leão e Wilhelm J. Glimmer. Este último um ousado aventureiro versado em conhecimentos de História Natural, esteve mais tarde a serviço de Maurício de Nassau e chegou a ser nomeado governador da ilha de Fernando Noronha. Unhalt forneceu subsídios sobre o sul do Brasil para os naturalistas Pies e Marcgrave elaborar a sua obra clássica: “Historia Rerum Naturalium Brasiliae”.
No final do século XVII ficou claro para a administração colonial que era preciso dirigir atenção especial para assegurar as fronteiras do sul do Brasil. A dificuldade que os portugueses enfrentavam para transpor a muralha da Serra do mar e penetrar no interior dos territórios da atual região sul, já parcialmente ocupada com a expansão das vacarias dos jesuítas espanhóis, fez com que se desencadeasse uma política aliada a estratégias duradouras e efetivas em relação a esses territórios. Por volta de 1645 Duarte Corrêa Vasqueanos, administrador da cidade do Rio de Janeiro, encarregou desse empreendimento o alemão Eleodor Ebano, provavelmente filho do já acima citado Heliodor Eoban Hesse. Esse reuniu uma expedição, como era usual na época, formada por brancos, mamelucos e índios. Como comandante duma "frota de guerra", composta de barcos de combate, dirigiu-se para a costa sul do Paraná. Transpôs a Serra do Mar e implantou assentamentos no planalto. Um deles, Nossa Senhora da Luz dos Pinhais evoluiria posteriormente para a atual Curitiba. Mesmo que a expedição tivesse como objetivo primeiro a prospecção de jazidas de ouro e prata e a subjugação dos índios, principalmente os agressivos carijós, o resultado a médio e longo prazo para a região foi outro e muito mais importante para a sua evolução. Os assentamentos fixos e definitivos que Eleodor Ebano mandou implantar em toda a região do planalto do Paraná, franquearam ou pelo menos facilitaram a penetração de expedições portuguesas para os planaltos de Santa Catarina e mais ao sul, para o Rio Grande do Sul.
Também na região nordeste do Brasil a presença alemã no período colonial assumiu caraterísticas similares das outras regiões, isto é, de peritos na exploração dos recursos de importância. Na capitania de Pernambuco ao lado da Bahia desenvolveu-se o centro de maior progresso na região, calcada na riqueza mais importante, quase única, o açúcar. Logo após Duarte Coelho ter criado a primeira colônia, logo após 1535, instalaram-se nela desde o início alguns alemães. Entre estes tornar-se-iam lendários na história posterior do nordeste o clã dos Holanda (Holland) e dos Lins. Arnual von Holland, era, do lado paterno filho de um nobre holandês e de parte de mãe da nobreza alemã Arnual von Hollands, irmã do último papa alemão, Adriano VI. O jovem Arnual Holland estabeleceu-se como solteiro em Pernambuco e casou com uma portuguesa de nome Brites de Vasconcelos. Duarte Coelho deu-lhe grandes extensões de terras como presente de casamento. Nelas cultivou plantações de cana e construiu dois engenhos. Gozou de grande influência na alta sociedade pernambucana e na sua descendência. Além de outros nomes significativos constam os do Visconde Albuquerque e do Marquês de Pombal.
Os Lins emigram para o Brasil na segunda metade do século dezesseis, cinco ao todo: Os irmãos Christopf (Cristóvão) e Bartholmäus (Bartolomeu), Roderich (Rodrigo), meio irmão dos anteriores, Konrad (Conrado), grau de parentesco com os demais não definido, Sebald (Sebaldo), primo dos primeiros. Sobre os Lins o historiador Carl Oberacker faz o seguinte comentário:
Por causa da sua forte participação na economia os cinco imigrantes alemães de sobrenome Lins ocuparam uma posição de liderança na jovem vida da sociedade de Pernambuco. O tamanho do seu prestígio pode ser avaliado pelo fato de um deles ter casado com uma parente próxima de um feudatário e que um outro teria sido elevado à nobreza. Enquanto os Lins se extinguiam na Alemanha, multiplicaram-se enormemente no amplo espaço do Brasil. Há anos viviam somente na cidade do Recife 4000 portadores com este nome. A nação Brasileira agradece inúmeros homens importantes da história do Brasil, como oficiais, homens públicos e escritores, a esses cinco imigrantes vindos da Suábia. (Oberacker, 1978, p. 72).
Cristóvão foi o mais importante dentre os cinco Lins acima mencionados. Entrou definitivamente na história do nordeste como o conquistador e o povoador do atual estado de Alagoas, como iniciador da produção de açúcar naquele estado e grande usineiro. Mais tarde participou ainda da conquista e fundação da Paraíba.
Encontramos alemães em todo o processo de ocupação do nordeste em favor de Portugal. Na conquista do Ceará sobressai a figura de Mathias Beck e de seus dois companheiros e auxiliares: Karl Helbach e Hans Simplisel. Sob a orientação deles procederam-se as primeiras incursões planejadas para o interior do território em busca de riquezas naturais, como prata, ouro, etc. Dos seis peritos estrangeiros em prospecção e mineração que cem anos mais tarde, 1743-1744, procuraram cobre e prata nas minas de Ubajara, no Ceará, todos eles parecem ter sido alemães. Trabalhavam sob a direção de dois alemães: Johann Christopf Sprongel e Martin Fugeor (Fugger?).
Na conquista e consolidação do Maranhão como possessão portuguesa empenhou-se decisivamente um número considerável de alemães. Entre as tropas que em 1614 empreenderam a expulsão dos franceses encontrava-se o tenente Konrad Lins. Na história do Maranhão tornaram-se conhecidos os irmãos Beckmann, filhos de pai alemão e mãe portuguesa. Merece ainda menção Kaspar Werneck que construiu a primeira fragata no Brasil no estaleiro que mantinha em companhia com Simão Ferreira Coimbra. Iria tornar-se um dos fundadores das conhecidas famílias Varneque, Berneque e Werneck. No final do século 17 encontramos Franz Potfilz médico, grande comerciante e caçador de ouro. Entre 1710 e 1727 percorreu, em companhia de peritos em mineração, os afluentes do Amazonas, principalmente o Tocantins, e em busca de madeiras nobres, sem grandes êxitos entretanto. Um pouco mais tarde, cerca de 1739-1749, o cirurgião Nicolas Hotsmann avançou até o rio Negro. Deixou um minucioso relato de viagem pouco conhecido com o título: "Diário de uma viagem por terra pela região amazônica".
